Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Yazarlar
- Kizil, Hamit Emre(4)
- Sengül, Bülent(3)
- Aras, Selim(2)
- Bayram, Sinan(2)
- Beydemir, Şükrü(2)
- Dirican, Ebubekir(2)
- Engin, Mustafa Alptekin(2)
- Karakas, Ümıt(2)
- Agar, Guleray(1)
- Alim, Zuhal(1)
- Anlar, Pinar(1)
- Arslaner, Ayla(1)
- Bayraktar, Bülent(1)
- Celik, Saffet(1)
- Demir, Nazan(1)
- Demir, Yaşar(1)
- Demir, Yeliz(1)
- Ecem Bayram, Nesrin(1)
- Ekincioğlu, Yavuz(1)
- Ergun, Bülent(1)
- Isgor, Mehmet Mustafa(1)
- Kamiloğlu, Aybike(1)
- Kankaya, Burak(1)
- Karabulut, Sevgi(1)
- Kaya, Halil İbrahim(1)
- Kıcık, Büşra(1)
- Kılınç, Namık(1)
- Memiş, Habibe(1)
- Ozcan, Halil(1)
- Sahin, Engin(1)
- Salik, Mehmet Ali(1)
- Sefali, Abdurrahman(1)
- Tatar, Zeynep Baran(1)
- Tekce, Emre(1)
- Topcu, Kübra Cinar(1)
- Uzunçakmak, Sevgi Karabulut(1)
- Yeloğlu, Çağdaş Hünkar(1)
- Yıldırım Çelik, Safinur(1)
- Çakır, Özlem(1)
- Çelik, Safinur Yıldırım(1)
Yayınlar
- MakaleAçık Erişim2026Exploratory Proteomic Analysis of Rhododendron ponticum Bee Pollen Based on High-Resolution Mass Spectrometry
Ecem Bayram, Nesrin; Celik, Saffet
Bee pollen is a bee product that is widely preferred by people for its nutritional properties as well as its health-protective properties, and is defined as a ‘superfood’. In this preliminary exploratory study, monofloral Rhododendron ponticum bee pollen was analyzed using a label-free LC-QTOF-MS proteomic approach. According to the results obtained, a total of 37 proteins from the rhododendron plant have been fully confirmed in the pollen sample. Normalized spectrum counting values (NSAF) providing information about the semi-quantitative amount of these proteins were determined to be between 120.84 and 43259.22. Based on these findings, it can be said that the proteomic approach can provide biomarkers for monitoring the botanical source and quality of monofloral bee pollen. However, since no biological or technical replicate study was conducted, the findings obtained are exploratory in nature and should be considered semi-quantitative. To our knowledge, this study is the first to report the protein profile of R. ponticum bee pollen using a proteomic approach.
- Derleme MakaleAçık Erişim2025Lavanta Yağı ve Genetik Etkileşim: Epigenetik Perspektiften Sağlık Üzerine Bir İnceleme
Karakas, Ümıt
Amaç: Lavanta yağı, Lamiaceae ailesinin önemli bir üyesi olan lavanta bitkisinden elde edilen ve çeşitli terapötik etkilerle öne çıkan bir uçucu yağdır. Tarihsel olarak, antik medeniyetlerden günümüze kadar antibakteriyel, antienflamatuar, anksiyolitik, antifungal ve yara iyileştirici özellikleri nedeniyle geniş bir kullanım alanı bulmuştur. Lavanta yağının temel bileşenleri olan linalool ve linalil asetat, sinir sistemi üzerinde yatıştırıcı etkiler gösterirken, inflamasyonu ve oksidatif stresi azaltarak çeşitli kronik hastalıkların tedavisine yardımcı olabilmektedir. Yapılan araştırmalar, lavanta yağının nörolojik bozukluklardan kansere kadar uzanan geniş bir etki spektrumu olduğunu ortaya koymuş, ancak bu etkilerin moleküler düzeyde nasıl gerçekleştiği henüz tam olarak anlaşılmamıştır. Çalışmanın amacı güncel literatürü mikroRNA’lar çerçevesinde derlemektir. Yöntem: Çalışmanın içeriği “Lavanta yağı”, “miRNA”, “epigenetik”, “gen ifadesi” anahtar kelimelerinin kombinasyonları ile PubMed, Google akademik, Web of science ve Science direct veri tabanlarından yapılan taramalarla oluşturulmuştur. Bulgular: Son yıllarda, esansiyel yağların genetik ve epigenetik düzeydeki etkileri üzerinde durulmakta ve miRNA'lar ile olası etkileşimleri incelenmektedir. miRNA'ların gen ekspresyonunun düzenlenmesindeki kritik rolü göz önüne alındığında, lavanta yağının özellikle stres, depresyon ve inflamasyonla ilişkili miRNA'ları etkileyerek genetik mekanizmaları modüle etme potansiyeli büyük bir araştırma alanı olarak karşımıza çıkmaktadır. Ancak, bu alandaki literatür eksikliği dikkat çekmektedir. Lavanta yağının terapötik etkilerinin daha iyi anlaşılması, özellikle miRNA'lar üzerindeki etkilerine odaklanan moleküler çalışmaların artmasıyla mümkün olacaktır. Sonuç: Gelecekteki çalışmalar, lavanta yağının moleküler biyolojideki yerini sağlamlaştırabilir ve klinik kullanımı genişletebilir. Bu doğrultuda, lavanta yağının biyolojik mekanizmalarını aydınlatmak, onu hastalıkların tedavisinde daha etkili bir araç haline getirebilir.
- MakaleAçık Erişim2025Bayburt Yöresel Fermente Süt Ürünlerinden Bakteriyosin Üreticilerinin İzolasyonu, Tanımlanması ve Bakteriyosinlerin Karakterizasyonu
Kaya, Halil İbrahim
Laktik asit bakterileri (LAB), diğer antimikrobiyallerin dışında özellikle ürettikleri bakteriyosinler nedeniyle de antimikrobiyal aktiviteye sahiptir. Bakteriyosinlerin gıda üretiminde kullanılması, gıda güvenliğinin iyileştirilmesi ve raf ömrünün uzatılmasına önemli katkılar sağlamaktadır. Bakteriyosinlerin temel özelliklerinden biri, üreticilerin çeşitliliğine göre yapısal varyasyonlara sahip olmaları ve buna bağlı olarak farklı antimikrobiyal aktivite spektrumlarına sahip olmalarıdır. Bu nedenle, yeni bakteriyosinlerin araştırılması ve karakterize edilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, Bayburt'un yerel fermente süt ürünlerinden bakteriyosin üreten LAB izole edilmiş ve bu bakteriler tanımlanmıştır. Daha sonra bakteriyosin üreten suşların antimikrobiyal spektrumu belirlenmiş ve farklı sıcaklık ve enzimlere karşı duyarlılıkları karakterize edilmiştir. Bakteriyosin üreten LAB sırasıyla Lactobacillus plantarum, Pediococcus pentosaceus ve Enterococuus faecium olarak tanımlanmıştır. Bu suşların sırasıyla 7, 6 ve 4 farklı indikatöre karşı antibakteriyel olduğu bulunmuştur. LAB tarafından üretilen bütün bakteriyosinlerin proteolitik enzimlerle muamele edildiklerinde bakteriyosinlerden kaynaklı aktivitelerini kaybettikleri ve protein yapısında oldukları belirlenmiştir. Bunların sırasıyla, 100 oC 10 dakika, 80 oC 10 dakika ve 80 oC 15 dakika ısıl işlem sonrasında stabil olduğu, yani antimikrobiyal aktivitelerini koruduğu tespit edilmiştir.
- MakaleYalnız künye2025Antioxidant capacity, phenolic compound content, and mineral composition of ethanol extracts from sorbus aucuparia and sorbus kusnetzovii
Sefali, Abdurrahman; Çakır, Özlem; Topcu, Kübra Cinar; Anlar, Pinar
Ethanol extracts of Sorbus aucuparia L. and Sorbus kusnetzovii Zinserl. fruits, belonging to the Rosaceae family, were obtained using an ultrasonic-assisted extraction method. The total phenolic contents of S. aucuparia and S. kusnetzovii were 8.44±0.66 mg GAE/g and 8.65±2.18 mg GAE/g, respectively, while their total flavonoid contents were 2.30±0.01 mg QE/g and 2.67±0.13 mg QE/g, respectively. The fruits’ DPPH values were measured as 9.59±0.00 mg TE/g and 9.28±0.05 mg TE/g, FRAP values as 9.51±0.42 mg TE/g and 13.38±0.52 mg TE/g, and CUPRAC values as 13.43±0.01 mg TE/g and 23.21±0.74 mg TE/g. Furthermore, both Sorbus species were found to have a rich mineral content. Therefore, it can be concluded that S. aucuparia and S. kusnetzovii fruits contain potent antioxidants, abundant phenolic compounds, and valuable minerals. Furthermore, they have significant potential as functional foods and are strong candidates for further clinical research.
- MakaleAçık Erişim2024Determination of Cytotoxic and Apoptotic Properties of Lobaric Acid, a Secondary Metabolite of Lichen and Investigation of Its Theoretical Potential
Kizil, Hamit Emre; Agar, Guleray; Ekincioğlu, Yavuz
In this study, we aimed to elucidate some of the mechanisms of cell death induced by lobaric acid in A549 (human lung cancer) cells. For this purpose, the effects of cytotoxic concentrations on p53 and caspase-3 gene expressions were investigated. A549 cells were treated with varying concentrations of lobaric acid (12.5, 25, 50, and 100 µg/ml) for 48 hours and then their viability was evaluated and p53 and caspase-3 mRNA expressions were determined at statistically cytotoxic concentrations of 12.5, 50, and 100 µg/ml. According to beta-actin, it was determined that the increase in lobaric acid concentration revealed an upward trend in p53 and caspase-3 mRNA expressions. Furthermore, quantum chemical parameters such as frontier molecular orbitals, band gap energy and ionization potential, electronic affinity, chemical softness, chemical potential, electrophilicity index and chemical hardness were analyzed. Furthermore, molecular docking was performed to identify the binding sites and the binding behavior of lobaric acid to some target proteins (P53, Caspase-3 and Bcl-2).
AtıfOpenAlex3
İncele - MakaleAçık Erişim2024Phytochemical Analysis and Determination of Antioxidative, Antimicrobial And In Vitro Cytotoxic Properties of Black Rosehip (Rosa Pimpinellifolia L.) Fruits Growing in The Northeast of Türkiye
Bayram, Sinan; Kizil, Hamit Emre; Kıcık, Büşra
The aim of this study was to determine the phenolic content of Rosa pimpinellifolia (L.) fruit extract and antibacterial, antioxidant activity and show the cytotoxic effects of different concentrations of Rosa pimpinellifolia L. fruit extract obtained by ultrasonic assisted method on MCF-7 cell line by WST-8 assay. Antibacterial effects analyzed by disk diffusion method and determined that there was no antibacterial effect in 500 μg/mL Rosa pimpinellifolia L. fruit extract dose. In addition, the total phenolic content was determined by the Folin-Ciocalteu method and found that total phenolic content is 37.5±0.2 mg GA/g. Antioxidant activity value was determined as 32.06±1.1 mg TE/g by ABTS method and 23.47±1.6 mg TE/g by DPPH method. The highest cytotoxic effect of Rosa pimpinellifolia L. fruit extract was determined in dose of 40 μg/mL on MCF-7 cell.
AtıfOpenAlex1İncele - MakaleAçık Erişim2023Benzaldehit türevlerinin sığır böbrek aldoz redüktaz inhibitörleri olarak değerlendirilmesi
Sengül, Bülent
Aldoz redüktaz (AR), poliol yolunda glikozdan sorbitol üretimini katalize eder ve insülinden bağımsız dokularda anormal sorbitol agregasyonuna neden olan, retinopati, nöropati ve nefropati gibi bazı problemler yaratan kritik bir enzimdir. AR inhibisyonunun bu yan etkileri azaltmak için uygun bir yaklaşım olduğu gösterilmiştir. Mevcut çalışma, literatüre yeni AR inhibitörlerini tanıtmayı amaçlamıştır. Bu amaçla AR inhibitörleri olarak benzaldehitler incelenmiştir. İlk olarak sığır böbreğinden homojenat hazırlanmış, ardından inhibisyon çalışmaları yapılmıştır. Çalışılan bütün benzaldehit türevlerinin AR'yi inhibe ettiği bulundu. 0,23 ve 1,37 μM IC50 değerlerine sahip olan 4- Phenyl benzaldehyde (3) ve 2- Bromobenzaldehyde (6)'in inhibitör aktivitesi, standart inhibitör sorbinilden daha yüksek olduğu tespit edildi. In vitro inhibisyon çalışmalarından sonra, tahmini bağlanma enerjileri ve türevlerin enzime bağlanma modları moleküler docking ile tahmin edildi. Bileşik 3, -8,61 kcal/mol'lük bir maksimum yerleştirme puanı sergiledi. Sonuç olarak, bu bileşikler, özellikle bileşik 3, diyabetik komplikasyonların tedavisinde veya önlenmesinde yeni ilaç aday moleküllerinin sentezi için yol gösterici moleküller olabilir.
AtıfOpenAlex3TR Dizin1İncele - MakaleAçık Erişim2023Determination of the cytotoxic effect of Prangos ferulacea (L.) Lindl. which grows naturally in the foothills of Bayburt Kop Mountain, on non-small lung cancer
Kizil, Hamit Emre
The genus Prangos has been used for centuries as an antibacterial and antidiabetic agent. In this study, Prangos ferulacea (L.) Lindl. species, which is frequently encountered in various regions of our country, especially in Northeast Anatolia, and known as "çaşır or çakşır" among the people, were collected from the flora of Bayburt Kop Mountain, and methanol extract of the stem parts of this plant was obtained. Afterward, the cytotoxic effect of this extract on the non-small cell lung cancer cell line (H-460) was determined and compared with the cytotoxic activity on the lung fibroblast cell line (MRC-5). The results obtained using the Wst-8 method, it was determined that no toxic effect occurred in the MRC-5 cell line after both 24 and 48 hours of methanol extract treatment, while a toxic effect occurred in the H-460 cell line (125 μg/ml and 62.5 μg/ml) after 48 hours of application. However, this toxic effect was not statistically significant.
AtıfOpenAlex1İncele - MakaleAçık Erişim2023Could eumelanin molecule from Streptomyces parvus BSB49 strain be a potential anticancer agent for lung cancer?
Karakas, Ümıt; Bayram, Sinan; Kizil, Hamit Emre; Öztürk, Serdar
Melanins, which are divided into five different subgroups as eumelanin, pheomelanin, allomelanin, neuromelanin and pyomelanin, are a heterogeneous and amor- phous biopolymer family. Although melanin is produced in many different ways today, it is more practical, and more economical to produce melanin using bacterial strains. The eumelanin pigment, which is the subject of this study, was obtained using Streptomyces parvus BSB49 strain, and its antiproliferative effect at various concentrations against small cell (DMS-114) and non-small cell (H-460) lung cancer was determined. According to our results, the synthesized eumelanin molecule was statistically cytotoxic on non-small cell lung cancer cell line (H-460) at concentrations of 3.125 and 1.56 μg/mL after 24 hours of treatment (IC50=8 μg/mL) and only at a concentration of 3.125 μg/mL after 48 hours of treatment (IC50=8.4 μg/mL). In the small cell lung cancer cell line (DMS-114), no statistically cytotoxic concentration was detected (p<0.05).
- MakaleAçık Erişim2022Gömülü ve Sarıcı Öznitelik Seçim Yöntemleri Kullanılarak Akciğer Rahatsızlıklarının Tespiti
Aras, Selim; Engin, Mustafa Alptekin
Son yıllarda biyomedikal sinyal işleme alanındaki gelişmelere rağmen, akciğer rahatsızlıklarının tespiti üzerine hızlı ve yüksek doğrulukta çalışan teşhis sistemlerine duyulan ihtiyaç artmaktadır. Yapılan çalışmada fiziki muayene ile 94 farklı kişiden, solunum döngülerinin otomatik olarak tespit edilmesiyle elde edilen 150 adet normal ve 444 adet normal olmayan akciğer sesleri veri tabanı olarak kullanılmıştır. Sınıflandırma işleminde öznitelik olarak frekans ve zaman bölgesinde 12 farklı yöntem uygulanmıştır. Tüm veriler %80 eğitim %20 test aşamasında kullanılacak şekilde ikiye bölünmüştür. Elde edilen öznitelikler gömülü ve sarıcı öznitelik seçim yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Bu yöntemler; özyinelemeli öznitelik eliminasyonu, uyarlanabilir yapı öğrenimi ile öznitelik seçimi, bağımlılık kılavuzlu denetimsiz öznitelik seçimi, sıralı yerellik ile denetimsiz öznitelik seçimi, içbükey küçültme yoluyla öznitelik seçimi, en küçük mutlak büzülme ve seçim operatörü öznitelik seçim yöntemleri olarak isimlendirilmektedir. İncelenen bu öznitelikler doğrusal destek vektör makineleri, k en yakın komşuluk, karar ağaçları ve naive bayes yöntemleri ile sınıflandırılmıştır. Sonuç olarak öznitelik sayısının sınırlandırılmadığı durum için, özyinelemeli öznitelik eliminasyonu yönteminin k en yakın komşuluk sınıflandırma ile beraber kullanıldığı durum için %97,3 doğruluk değerindeki başarıma ulaşılmaktadır. Öznitelik sayısının üç ile sınırlandırıldığı durumda ise uyarlanabilir yapı öğrenimi ile öznitelik seçimi yönteminin karar ağaçları yöntemi ile beraber kullanılması ile %91,4 değerinde başarıma ulaşılmıştır.
AtıfOpenAlex1İncele - Proje2022Lactiplantibacillus plantarum suşları ile Et proteinleri içeren model sistemde Gaba üretiminin Optimizasyonu
Kamiloğlu, Aybike; Memiş, Habibe
Araştırmada, sucuk kaynaklı Lactiplantibacillus plantarum suşları GABA üretim düzeyleri yönünden incelenmiş ve GABA üretim düzeyi yüksek L. plantarum EK148 suşu GABA üretim düzeyi açısından değerlendirilmiştir. GABA üretimine, MSG bulunmayan besi ortamına glutamik asit kaynağı olarak protein izolatı ilave edilerek, sıcaklık, pH ve fermantasyon süresi faktörlerinin etkisi incelenmiştir. Optimizasyon çalışması, L. plantarum EK148 suşunun GABA üretimi üzerine başlangıç pH değeri (4-6), fermantasyon süresi (96-144 saat), protein izolatı konsantrasyonu (%10-40) ve sıcaklık (30-40?C) faktörlerinin etkileri yanıt yüzey yöntemi (YYY) kullanılarak incelenmiştir. Ayrıca L. plantarum EK148 suşunun 144 saat fermantasyon süresince 6 saat aralıklarla canlı mikroorganizma sayısı, optik yoğunluk, pH ve GABA üretim düzeyleri belirlenmiştir. Deneysel tasarımda elde edilen yanıtlarla L. plantarum EK148 suşu için optimum koşullar belirlenmiş (% 10 protein konsantrasyonu, 33.93 ºC sıcaklık, pH 5.05 ve 96 saat fermantasyon süresi) ve 80 mg/L GABA üretimi sağlanmıştır. Model ile L. plantarum EK148 suşu kullanılarak elde edilen veriler arasındaki uyum eksikliğinin önemli olduğu, protein konsantrasyonu ve sıcaklığın GABA üretimi üzerine önemli düzeyde etkili olduğu tespit edilmiştir. Bunun yanısıra L. plantarum EK148 suşunun GABA üretiminin ortam pH?sının 4?ün altına düştüğü koşullarda maksimuma eriştiği tespit edilmiştir
- MakaleAçık Erişim2022Clinicopathological Significance of hTERT gene expression in Breast Cancer Patients
Dirican, Ebubekir; Kankaya, Burak; Tatar, Zeynep Baran
Aim: This study aimed to examine the clinical significance of the mRNA expression of the human telomerase reverse transcriptase (hTERT) gene in breast cancer (BCa) and to investigate its clinicopathological role. The hTERT gene is involved in events such as cell proliferation, apoptosis and cell invasion. It has been reported that high hTERT mRNA expression is associated with poor prognosis in solid tumors such as BCa, stomach, lung, glioblastoma, head and neck. Material and Methods: RNA isolations of 59 BCa and healthy blood samples were performed. hTERT gene mRNA expression was analyzed by Real-Time-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) method. mRNA expression results were evaluated in cancer and healthy samples by the 2-∆∆ct method. Clinical data were collected and the relationship of these data with hTERT gene expression was evaluated statistically. Results: hTERT gene mRNA expression in BCa patients was significantly higher than in healty samples (p=0,0211). Low hTERT gene expression was significantly associated with estrogen receptor (ER) (+) and human epidermal growth factor receptor 2 (HER 2) (+) patients (p=0.0464; p=0.0080, respectively). hTERT gene expression was found to be higher in histological grade 3 patients compared to grade 2 (p=0.0389). Moreover, hTERT expression was shown to be significantly higher in basal-like histological type compared to luminal A and luminal B (p=0.0160; p=0.0008, respectively). Conclusion: The findings of our study showed that hTERT gene expression was significantly higher in BCa patients than in healthy samples. Abnormal hTERT gene expression may play an important role in carcinogenesis or diagnosis.
- MakaleYalnız künye2022Gömülü ve sarıcı öznitelik seçim yöntemlerinin kullanılması ile akciğer rahatsızlıklarının tespiti
Aras, Selim; Engin, Mustafa Alptekin
Son yıllarda biyomedikal sinyal işleme alanındaki gelişmelere rağmen, akciğer rahatsızlıklarının tespiti üzerine hızlı ve yüksek doğrulukta çalışan teşhis sistemlerine duyulan ihtiyaç artmaktadır. Yapılan çalışmada fiziki muayene ile 94 farklı kişiden, solunum döngülerinin otomatik olarak tespit edilmesiyle elde edilen 150 adet normal ve 444 adet normal olmayan akciğer sesleri veri tabanı olarak kullanılmıştır. Sınıflandırmada öznitelik olarak frekans ve zaman bölgesinde 12 farklı yöntem uygulanmıştır. Elde edilen öznitelikler gömülü ve sarıcı öznitelik seçim yöntemleri kullanılarak değerlendirilmiştir. Bu yöntemler; özyinelemeli öznitelik eliminasyonu, uyarlanabilir yapı öğrenimi ile öznitelik seçimi, bağımlılık kılavuzlu denetimsiz öznitelik seçimi, sıralı yerellik ile denetimsiz öznitelik seçimi, içbükey küçültme yoluyla öznitelik seçimi, en küçük mutlak büzülme ve seçim operatörü öznitelik seçim yöntemleri olarak isimlendirilmektedir. İncelenen bu öznitelikler doğrusal destek vektör makineleri, k en yakın komşuluk, karar ağaçları ve naive Bayes yöntemleri ile sınıflandırılmıştır. Sonuç olarak öznitelik sayısının sınırlandırılmadığı durum için, özyinelemeli öznitelik eliminasyonu yönteminin k en yakın komşuluk sınıflandırma ile beraber kullanıldığı durum için %97,3 doğruluk değerindeki başarıma ulaşılmaktadır. Öznitelik sayısının üç ile sınırlandırıldığı durumda ise uyarlanabilir yapı öğrenimi ile öznitelik seçimi yönteminin karar ağaçları yöntemi ile beraber kullanılması ile %91,4 değerinde başarıma ulaşılmıştır. Sınıflandırmada solunum döngülerinin otomatik tespit edilmesi ve en uygun özniteliklerin seçilmesi aracılığı ile yüksek doğruluk değerine ulaşılmıştır.
- MakaleAçık Erişim2022CYB mtDNA mutations and expression status of genes in the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway in patients with schizophrenia
Dirican, Ebubekir; Uzunçakmak, Sevgi Karabulut; Özcan, Halil
Purpose: This study aimed to screen for cytochrome b (CYB) mitochondrial DNA (mtDNA) mutations and analyze the mRNA expressions of genes in the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway in patients with schizophrenia. Materials and Methods: In this study, whole blood was obtained from 44 schizophrenic patients and 41 healthy individuals for DNA (patients) and RNA (patients and control) isolation. Samples for CYB mtDNA mutations were amplified by PCR and identified by Sanger DNA sequencing. RT-PCR and 2- increment increment Ct method was used for mRNA expression of PIK3CA, AKT1, and mTOR genes. Results: In schizophrenia patients, m.15326 A > G (43/44), m.15452 C > A (5/44), m.15078 A > G (3/44), m.14872 C > T (3/44) and m.14798 T > C (3/44) was the most common CYB mtDNA mutations. In silico analysis showed that some of the mutations were associated with the harmful, disease-causing or benign character. The mRNA expression of the PIK3CA, AKT1, and mTOR genes in schizophrenia patients was significantly higher than in healthy individuals. There was a significant moderate positive correlation between the PIK3CA and AKT1 genes. In addition, by ROC analysis, PIK3CA, AKT1 and mTOR genes were found to have good diagnostic power in the patient group. ROC analyzes showed that PIK3CA in particular has significant diagnostic value for schizophrenia patients with 80% sensitivity and 63.4% specificity. Conclusion: Both of CYB mtDNA mutations frequency and PIK3CA, AKT1 and mTOR mRNA expression were higher in schizophrenic patients compared to healthy individuals. We believe that studying these mechanisms in
AtıfWoS1OpenAlex1TR Dizin1
İncele - MakaleAçık Erişim2021Anadolu Merinoslarında İrisin Hormon Yanıtı Üzerine Bazı Fizyolojik Parametrelerin Etkisi
Bayraktar, Bülent; Tekce, Emre
Bu çalışmanın amacı, Anadolu Merinosu koyunlarında irisin hormon yanıtı üzerinde vücut kondüsyon skoru (VKS), laktasyon, gebelik, yaş ve cinsiyetin etkisinin incelenmesidir. Çalışmaya dahil edilen tüm gruplarda yer alan Anadolu Merinosu koyunları vücut kondüsyon skorlarına (VKS<2,VKS=3-3.5,VKS≥4) göre 3 gruba ayrılmıştır. 1.grup gebeliğin ilk dönemindeki koyunlar (ilk gebeliğin 100. gününde) (n=30), 2.grup erken laktasyon döneminde bulunan koyunlar (n = 30),3.grup farklı yaşta bulunan <2 (genç) (n=30), 2-8 (ergin) (n=30), 8> (yaşlı) (n=30), erkek ve dişi koyunlar (n=180) olmak üzere toplam 240 hayvan oluşturdu. Koyunlardan sabah yemlemesi öncesi vena jugularis’ten kan örnekleri alındı. Kan serumu örneklerinde ELİSA yöntemiyle irisin hormon düzeyleri belirlendi. Çalışma sonucunda laktasyon ve gebelik döneminde ortalama serum irisin hormon düzeyleri en düşük VKS<2 grubunda, en yüksek ise VKS ≥4 gruplarında bulunan koyunlarda saptanmıştır. Aynı şekilde farklı yaş ve cinsiyet gruplarında ise en düşük ortalama serum irisin hormon düzeyleri VKS<2 grubunda bulunan genç kuzu ve toklularda iken, en yüksek düzey ise VKS ≥4 grubunda yaşlı koyun ve koçlarda tespit edilmiştir. VKS değişimine bağlı olarak farklı yaş, cinsiyet, gebelik ve laktasyon dönemlerinin serum irisin hormonu düzeyi üzerine etkisi olduğu belirlenmiştir (p<0,05).Sonuçlarımız, irisin hormonun miyokin olması ve fizyolojik rolü nedeniyle, kas sistemine ait durumun incelenmesinde yararlı bir parametre olabileceğini göstermiştir.
AtıfOpenAlex1TR Dizin1İncele - MakaleAçık Erişim2020Correlation of IGF-I and IGFBP5 Gene Expression in Schizophrenia Patients
Ozcan, Halil; Karabulut, Sevgi; Yeloğlu, Çağdaş Hünkar
Objective: Schizophrenia is a severe mental disorder affecting more than 21 million people worldwide. Disruptions of the GH-IGF-I axis likely lead to schizophrenia by causing deficits in early stages of neurodevelopment and low IGF-I levels are related to pre/postnatal growth and schizophrenia. IGF axis has effective role on healthy cell growth both prenatal and postnatal. IGF-I function effecting cancer cells is regulated by IGFBP-5. Several studies showed that IGF-I expression is low in schizophrenia patients. Aim of this study is to investigate relation of IGF-I and IGFBP-5 mRNA expression levels in Schizophrenia. Materials and Methods: Fırstly, we collected the serum samples from patients who are diagnosed with schizophrenia and healthy control group. Then RNA was isolated from these serum samples. RNA expression was investigated by real time PCR. Results were evaluated using delta delta Ct. In this study IGF-I and IGFBP5 gene expression levels were calculated. For this purpose a portion of serum taken for routine tests was used. Results: Results of this study showed that there is no significant difference of IGF-I and IGFBP5 gene expression levels between patients and healthy subjects. On the other hand an important negative correlation between IGFBP5 expression level and age was found (p<0,05). Beside that there was not any association between PANNS points and gene expression levels. Conclusion: Consequently, relation of PANSS and gene expressions was not significant. Otherwise IGFBP5 and IGF-I mRNA expression levels had not an important relation for schizophrenia patients.
- MakaleAçık Erişim2019Functional Bioactive Components of Milk
Salik, Mehmet Ali; Arslaner, Ayla
Milk and dairy products are source of bioactive components that strengthen the immune system and also play a role in the regulation of many functional activities in the human organism. Some of these are casein, serum proteins, α-Lactoalbumin, β-lactaglobulin, serum albumin, immunoglobulins, glycoproteins, lactoferrin, lactoperoxidase and lysozyme; some lipid-based ingredients such as Docosahexaenoic Acid (DHA), Eicosapentaenoic Acid (EPA), Conjugated Linoleic Acid (CLA), phospholipids, sterols, vitamins and melatonin; minerals such as calcium and phosphorus. Serum proteins with high biological value from these components and protein and peptide fractions obtained by hydrolysis from these proteins are also used for enhancing nutritional value and improving the structural properties of foods and for enhancing food quality. In addition, the number of researches that are recommended to use foods such as lactoferrin, lactoperoxidase and lysozyme, which have natural antimicrobial properties in milk, and various fatty acids with antioxidant properties are increasing day by day. In this review, some bioactive components present in milk and their potential use in functional food production are discussed.
AtıfOpenAlex1TR Dizin1İncele - MakaleYalnız künye2018Evaluation of Inhibition Effects of Some Cardiovascular Therapeutics on Human Erythrocyte Carbonic Anhydrase Isoenzymes
Isgor, Mehmet Mustafa; Kılınç, Namık; Alim, Zuhal; Beydemir, Şükrü; Sengül, Bülent
Carbonic anhydrase enzyme plays a vital role in metabolic events such as acid-base regulation and respiration. Inour research, it is tried to determine the inhibitory influences of the cardiovascular therapeutics esmololhydrochloride, amiodarone hydrochloride and lidocaine hydrochloride on human erythrocytes carbonic anhydrases(hCA I and II). In accordance with this purpose, carbonic anhydrase isoenzymes were purified from humanerythrocytes by using affinity chromatography method. Enzyme purity was checked by SDS-PAGEelectrophoresis method. After the carbonic anhydrase enzymes were purified, the inhibitory affects ofcardiovascular therapeutics on these enzymes, using esterase activity, which is the method of measuring in vitroactivity, were examined. The three cardiovascular therapeutics dose-dependently decreased activity of hCAs. IC50values of amiodarone hydrochloride, esmolol hydrochloride and lidocaine hydrochloride were found to be,respectively, 0.91 mM, 5 mM, 5.8 mM for hCA-I and 0.41 mM, 3.5 mM, and 6.36 mM for hCA-II. Our resultsproved that, under in vitro conditions, cardiovascular therapeutics significantly inhibit human CA-I and IIactivities. So, irregular use of these medicines may cause serious adverse effects in terms of human health.
AtıfTR Dizin2İncele - MakaleAçık Erişim2018Purıfıcatıon of protease enzyme from çiğdem (crocus bıflorus) tubers and ınvestıgatıon of usabılıty of the purıfıed protease enzyme ın coagulatıon of caseın
Yıldırım Çelik, Safinur
It is known that in some diseases (SARS, mad cow, pig and bird flu) that have passed from animals to humans have increased in recent years. In consumers, the use of animal proteases in the production of food products leads to concerns about the spread of these diseases. For these reasons, it has been an increase in demand for the product obtained from plant sources. The fact that only a small proportion of commercially available enzymes are herbaceous, have encouraged researchers to search for new herbal protease sources that can be used commercially. In this study, for the first time protease enzyme was purified from the tubers of a Crocus biflorus and characterized. The protease enzyme was purified 86 fold by ammonium sulfate precipitation and ion exchange chromatography. Optimum pH and temperature was found as 5.5 and 50 °C. The values of Vmax and KM were calculated as 47 mg/mL.min and 0.9 g/L, respectively. The molecular weight of the enzyme was calculated to be 35 kDa by using SDS-PAGE. It was determined that the purified enzyme can be used in the process of casein coagulation, the first step of cheese making.
AtıfOpenAlex3İncele - MakaleYalnız künye2017The In-vitro Effect of Lisonopril on Serum Alkaline Phosphatase and Acid Phosphatase Enzymes Activity
Demir, Yaşar; Çelik, Safinur Yıldırım; Demir, Nazan
Hypertension is a disease that most elderly people suffer. People with high blood pressure often obliged to use the drug that lowers blood pressure in order to maintain a healthy lifestyle throughout their lives. In this study, the in vitro effect of lisonopril on serum alkaline phosphatase and acid phosphatase enzymes which are essential for normal bone formation and mineralization activities was investigated. Alkaline phosphatase enzyme was purified using DEAE-cellulose, acid phosphatase enzyme was purified using CM-cellulose ion exchange chromatography from human serum. The activities of alkaline and acid phosphatase were determined using pnitrophenylphosphate as the substrate. When finding out the activity of TrACP enzyme, adding tartrate to the environment provided inhibition of other acid phosphatase enzymes than TrACP. The activities of alkaline phosphatase and acid phosphatase, which is resistant to tartrate, have been found at five different concentrations of substrates (0.033, 0.1, 0.16, 0.23 and 0.3 mm) in environment with inhibitor and without inhibitor. While three different concentrations of the inhibitor, including 10-2,10-3 and 10-4, was used for each substrate concentration. It was found that the drug inhibit both enzymes, and I50 value was calculated as 0.17 mm and 0.79 mm. Furthermore, Ki values were calculated as 6.98x10-4, 7.06x10-4 for ALP and TrACP respectively by utilizing the Lineweaver-Burk plot