Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Yayınlar
- MakaleAçık Erişim2025Bayburt Yöresel Fermente Süt Ürünlerinden Bakteriyosin Üreticilerinin İzolasyonu, Tanımlanması ve Bakteriyosinlerin Karakterizasyonu
Kaya, Halil İbrahim
Laktik asit bakterileri (LAB), diğer antimikrobiyallerin dışında özellikle ürettikleri bakteriyosinler nedeniyle de antimikrobiyal aktiviteye sahiptir. Bakteriyosinlerin gıda üretiminde kullanılması, gıda güvenliğinin iyileştirilmesi ve raf ömrünün uzatılmasına önemli katkılar sağlamaktadır. Bakteriyosinlerin temel özelliklerinden biri, üreticilerin çeşitliliğine göre yapısal varyasyonlara sahip olmaları ve buna bağlı olarak farklı antimikrobiyal aktivite spektrumlarına sahip olmalarıdır. Bu nedenle, yeni bakteriyosinlerin araştırılması ve karakterize edilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, Bayburt'un yerel fermente süt ürünlerinden bakteriyosin üreten LAB izole edilmiş ve bu bakteriler tanımlanmıştır. Daha sonra bakteriyosin üreten suşların antimikrobiyal spektrumu belirlenmiş ve farklı sıcaklık ve enzimlere karşı duyarlılıkları karakterize edilmiştir. Bakteriyosin üreten LAB sırasıyla Lactobacillus plantarum, Pediococcus pentosaceus ve Enterococuus faecium olarak tanımlanmıştır. Bu suşların sırasıyla 7, 6 ve 4 farklı indikatöre karşı antibakteriyel olduğu bulunmuştur. LAB tarafından üretilen bütün bakteriyosinlerin proteolitik enzimlerle muamele edildiklerinde bakteriyosinlerden kaynaklı aktivitelerini kaybettikleri ve protein yapısında oldukları belirlenmiştir. Bunların sırasıyla, 100 oC 10 dakika, 80 oC 10 dakika ve 80 oC 15 dakika ısıl işlem sonrasında stabil olduğu, yani antimikrobiyal aktivitelerini koruduğu tespit edilmiştir.
- MakaleAçık Erişim2025Scopus SJRQ3Identification of additional probiotic attributes in yeasts isolated from tarhana fermentation
Erdem, Belgin; Kaya, Halil İbrahim; Tulumoğlu, Şener; Coteli, Ebru; Şimşek, Ömer
Fermented foods constitute a valuable source of probiotics for both bacteria and yeasts. To date, however, there has been a limited amount of research conducted on Saccharomyces cerevisiae, Kazakhstania servazzi, Kluyveromyces marxianus and Torulaspora delbrueckii isolated from tarhana. The objective of the research is to identify additional probiotic characteristics other than the leavening activity exhibited by yeasts that were previously isolated from tarhana fermentation. In this study, yeasts were subjected to subsequent acid and bile salt tolerance, bile salt hydrolysis, antagonistic activity, aggregation activity (auto-aggregation and co-aggregation), cholesterol assimilation, folate production, biofilm production, and hemolysis activity. S. cerevisiae PCF122, S. cerevisiae PCF107, and S. cerevisiae PCF134 strains grew at pH 2 and 2,5 but remained at pH 3. Except for S. cerevisiae PCF115 and T. delbrueckii PCF150, all yeasts were found to be 0,5% and 1,0% oxalate tolerant. All yeasts hydrolyze oxalate (bile salt), but only S. cerevisiae PCF115 and T. delbrueckii PCF150 produced EPS. Yeasts also exhibited significant amounts of autoaggregation (46–87%). After 24 and 48 h incubation, all strains assimilated cholesterol at rates ranging from 10,4% to 87,5% and 10,6–91%, respectively. The highest folate production was determined at S. cerevisiae PCF108 (56 µg/mL) and the lowest was at S. cerevisiae PCF110 and K. marxianus PFC120 (18 µg/mL). In conclusion, yeasts that existed in tarhana fermentation showed cholesterol assimilation, folate production, and aggregation activity which are additional probiotic attributes that would have consumer health promotion, beside these yeast leaven the tarhana dough.
AtıfScopus2WoS1OpenAlex1
İncele - Derleme MakaleAçık Erişim2025Scopus SJRQ1Expanding Layers of Bacteriocin Applications: From Food Preservation to Human Health Interventions
Demirgül, Furkan; Kaya, Halil İbrahim; Ucar, Redife Aslıhan; Mitaf, Naciye Afranur; Şimşek, Ömer
Bacteriocins, ribosomally synthesized by bacteria, have long been recognized for their role in ensuring food safety and security due to their antibacterial effects against foodborne pathogens and spoilage bacteria. However, recent advancements have unveiled their expanding potential beyond food applications, with increasing evidence of their efficacy against clinically significant pathogenic bacteria, biofilm formation, viral infections, and even cancer. These emerging discoveries have continuously added new layers to the application of bacteriocins, extending their relevance from food preservation to broader human health interventions. To further harness this expanding potential, various innovative strategies have been developed to overcome traditional limitations associated with bacteriocin use. Instead of directly employing bacteriocins or bacteriocin-producing bacterial cultures, novel approaches, such as incorporating them into films and packaging materials or coupling them with nanoparticles, have demonstrated enhanced effectiveness. In this review, we examine the evolving landscape of bacteriocin applications and shed light on the expanding functional spectrum of bacteriocins for both food safety and human health, although some important challenges and limitations remain. By analyzing the recent literature and innovative technological advancements, we highlight how bacteriocins are continuously evolving, opening new frontiers for their use and reinforcing their significance beyond their conventional roles.
AtıfScopus22WoS21OpenAlex22İncele - MakaleAçık Erişim2020Tarhanadan izole edilen laktobasiller tarafından üretilenbakteriyosinlerin karakterizasyonu
Kaya, Halil İbrahim; Şimşek, Ömer
Tarhana Anadolu’da kış için hazırlanan ve sık tüketilen fermente bir gıdadır. Fermente tarhana hamuru laktik asit bakterileri (LAB) ve maya türlerinden oluşan mikrofloraya sahiptir. Bu florada bazı LAB’de bakteriyosin üretimiyle antimikrobiyal aktivite gösterirler. Çalışmamızın amacı tarhanadan izole edilmiş L. namurensis PFC70, L. plantarum PFC74 ve L. paralimentarius PFC97 suşlarının bakteriyosinlerinin belirlenmesi ve karakterizasyonudur. PFC70, PFC74 ve PFC97 suşlarının Micrococcus luteus DSM1790 suşuna karşı 400, 1600, 1600 AU/mL antimikrobiyal aktiviteye sahip olduğu belirlenmiştir. Suşların kültür üst sıvılarındaki metabolitlerin yüksek sıcaklığa ve proteaz enzimlerine karşı hassas, düşük pH koşullarında stabil, bakteriyosin tabiatında olduğu anlaşılmıştır. Üretici hücrelerin genomunda yapılan PZR taramasında, PFC74 bakteriyosininin plantarisin benzeri olduğu belirlenmiştir. Bakteriyosinler, amonyum sülfat çöktürmesi, katı faz ekstraksiyonu ve ters faz sıvı kromotografisi ile saflaştırılmış ve trisin-SDS PAGE ile moleküler büyüklükleri 5 kDa altında olduğu tespit edilmiştir. PFC70 vePFC74 bakteriyosini bakteriyosidal, PFC97 ise bakteriyostatik etkili bulunmuştur. Bu sonuçlar PFC70 suşunun yeni bir bakteriyosin üreticisi olduğunu göstermiştir.
- MakaleAçık Erişim2020Scopus SJRQ2Characterization of pediococcus acidilactici PFC69 and lactococcus lactis PFC77 bacteriocins and their antimicrobial activities in tarhana fermentation
Kaya, Halil İbrahim; Şimşek, Ömer
Tarhana is a traditional cereal product fermented by lactic acid bacteria (LAB) and yeast strains that has gained special interest recently as an infant nutrition. Tarhana contains wheat flour, yogurt, and various vegetables that might create a microbiological toxicological risk, especially for Bacillus cereus and Staphylococcus aureus. In this study, characterization of the metabolites responsible for antibacterial activity of Pediococcus acidilactici PFC69 and Lactococcus lactis PFC77 strains obtained from tarhana was performed, and antibacterial effects were detected against B. cereus ATCC 11778 and S. aureus ATCC 29213 during the fermentation. A total of 12,800 AU/mL antibacterial activity was observed for the supernatants of the PFC69 and PFC77 strains that were found to be stable at high temperature and in low pH conditions and sensitive to proteases, suggesting the antimicrobial metabolite is a bacteriocin. These bacteriocins were further purified and their molecular sizes were determined as 4.5 and 3.5 kDa, respectively. Importantly, inoculation of PFC69 and PFC77 to tarhana dough significantly decreased B. cereus ATCC 11778 and S. aureus ATCC 29213 amounts from the fifth day of fermentation compared to the control dough samples. P. acidilactici PFC69 and L. lactis PFC77 strains were concluded as bioprotective cultures for tarhana and these strains were offered for other cereal-based fermentations.
AtıfScopus29WoS25OpenAlex33İncele
