Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

• 2

Yazarlar

• Dirican, Ebubekir(2)
• Aru, Melek(1)
• Ayan, Semih(1)
• Aydın, İsmail Erkan(1)
• Ayşe Yuvaşen(1)
• Gülbay, Gonca(1)
• Güler, Yavuz(1)
• Kanigur, Gönül(1)
• Karadağ, Abdullah(1)
• Karaman, Ülkü(1)
• Savrun, Şeyda Tuba(1)
• Soydaş, Tuğba(1)
• Tatar, Zeynep(1)
• Uzunçakmak, Sevgi Karabulut(1)
• Çakır, Sami(1)
• Özmerdiven, Çağdaş Gökhun(1)
• İlvan, Ahmet(1)

• MakaleYayıncıda açık erişim2022Scopus SJRQ1/r/bayburt/13217
  Analysis of mitochondrial DNA cytochrome-b (CYB) and ATPase-6 gene mutations in COVID-19 patients

  Dirican, Ebubekir; Savrun, Şeyda Tuba; Aydın, İsmail Erkan; Gülbay, Gonca; Karaman, Ülkü

  Coronavirus disease of 2019 (COVID-19) is a pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Mutations of mitochondrial DNA (mtDNA) are becoming increasingly common in various diseases. This study aims to investigate mutations in the cytochrome-b (CYB) and adenosine triphosphatase-6 (ATPase-6) genes of mtDNA in COVID-19 patients. The association between mtDNA mutations and clinical outcomes is investigated here. In the present study, mutations of the mtDNA genes CYB and ATPase-6 were investigated in COVID-19 (+) (n = 65) and COVID-19 (−) patients (n = 65). First, we isolated DNA from the blood samples. After the PCR analyses, the mutations were defined using Sanger DNA sequencing. The age, creatinine, ferritin, and CRP levels of the COVID 19 (+) patients were higher than those of the COVID-19 (−) patients (p = 0.0036, p = 0.0383, p = 0.0305, p < 0.0001, respectively). We also found 16 different mutations in the CYB gene and 14 different mutations in the ATPase-6 gene. The incidences of CYB gene mutations A15326G, T15454C, and C15452A were higher in COVID-19 (+) patients than COVID-19 (−) patients; p < 0.0001: OR (95% CI): 4.966 (2.215−10.89), p = 0.0226, and p = 0.0226, respectively. In contrast, the incidences of A8860G and G9055A ATPase-6 gene mutations were higher in COVID-19 (+) patients than COVID-19 (−) patients; p < 0.0001: OR (95%CI): 5.333 (2.359−12.16) and p = 0.0121 respectively. Yet, no significant relationship was found between mtDNA mutations and patients' age and biochemical parameters (p > 0.05). The results showed that the frequency of mtDNA mutations in COVID-19 patients is quite high and it is important to investigate the association of these mutations with other genetic mechanisms in larger patient populations.

  • 
  AtıfScopus14·WoS16·OpenAlex21

  İncele
• MakaleAçık Erişim2022Scopus SJRQ4/r/bayburt/12108
  HRM method for identification of TP53 exon 5 and 8 mutations in human prostate cancer patients

  Özmerdiven, Çağdaş Gökhun; Dirican, Ebubekir; Ayan, Semih; Tatar, Zeynep; Çakır, Sami; Güler, Yavuz; Karadağ, Abdullah; Soydaş, Tuğba; Uzunçakmak, Sevgi Karabulut; Aru, Melek

  Background: The purpose of the present study was to perform a high-resolution melting (HRM) analysis to discover mutations in gene exons 5–8 of tumor protein p53 (TP53), as well as the relationships of these mutations to clinical parameters in prostate cancer (PC). Methods: Genomic DNA was extracted from 50 formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues with PC. Mutations in exons 5 and 8 of TP53 were analyzed using the HRM method. Sanger sequencing was used to describe mutations. Results: According to the HRM analysis results, 21 (42%) PC samples had different normalized and shifted melting curves from other samples. Mutations in TP53 exons 5 and8 were observed in 12 (24%) patients by the Sanger method. The detection sensitivity of the HRM method in exon 5 and exon 8 mutations was 66.7% and 50%, respectively. PSA levels of PC patients with TP53 mutation were found to be lower than that of patients with no mutation (p = 0.8270). However, we did not find any correlations between TP53 mutations and clinical parameters (p > 0.05). Conclusions: HRM analysis is a simple, rapid, and efficient mutation-scanning method for known/unknown mutations in TP53 exons 5and8, as well as an attractive method for detection of mutations and their analysis in FFPE tissues. Additional studies with larger patient populations are warranted to confirm the correlation between the TP53 mutations and PC risk.

  • 
  İncele
• Yüksek Lisans TeziAçık Erişim2019/r/bayburt/17023
  Kars kaşarının mikrobiyal forasının ön olgunlaştırma periyodu boyunca değişimi ve gelişimi

  Ayşe Yuvaşen

  Kars Kaşarının bozulmadan günümüze kadar ulaşan üretim metodu ile olgunlaşma süresinin uzun sürdüğü bilinmektedir. Olgunlaşma esnasında peynirin yapısında bulunan laktik floranın tespit edilerek peynir üretiminde starter kültür olarak kullanılmasıyla daha kısa sürede olgunlaşma sağlanabileceği ve bunun ürün için oldukça önemli bir gelişme olacağı düşünülmektedir. Bu tez çalışması Kars kaşarının ön olgunlaşması esnasında yapısında bulunan mikrobiyal floranın tespit edilmesi amacıyla yürütülmüştür. Tez çalışması kapsamında Kars ilinde farklı üretim noktalarından yeni üretilmiş 6 adet Kars Kaşarı örneği temin edilmiş ve ön olgunlaştırma periyodu boyunca bazı fiziksel, kimyasal, mikrobiyolojik özellikleri ve mikrobiyal floralarında meydana gelen değişim ve gelişim incelenmiştir. Peynir örneklerinden uygun besiyerlerine ekim yapıldıktan sonra toplam 533 bakteri, maya ve küf izolatı elde edilmiştir. İzolatlara uygulanan RAPD-PCR ve rep-PCR işlemlerinin ardından PCR ürünleri sekans analizine tabi tutulmuştur. Yürütülen bu işlemlerle bakteri, maya ve küf gruplarının tanımlaması yapılmış, böylece peynir örneklerindeki baskın türler belirlenmiş ve bu türler arasındaki filogenetik benzerlikler tespit edilmiştir. Sonuçta; tanımlaması yapılan 285 adet bakteri izolatının 37'si Lb. paracasei, 24'ü Lb. rhamnosus, 24'ü S. thermophilus, 13'ü Lb. graminis, 12'si Lb. mindensis, 11'i Lb. fermantum ve 8 tanesi Lb. plantarum olarak belirlenmiştir. Bu türlerin yanında E. faecium, E. faecalis gibi NSLAB olabilecek türler diğer bakteri grupları arasında tanımlanmıştır. 168 adet maya-küf florasından 131 tanesinin maya, 37 tanesinin ise küf türü olduğu görülmüştür. Tanımlanan maya izolatlarının 54'ü P. kudriavzevii, 11'i C. parapsilosis, 24'ü C. zeylanoides, 20'si K. marxionus, 19'u K. lactis, 2'si D. hansenii ve 1'i Y. lipolytica olarak tespit edilmiştir. Küf izolatlarının ise 23'ü P. crustosum, 8'i P. kewense, 4'ü P. commune ve 2'si G. candidum olarak belirlenmiştir. Elde edilen bu sonuçlar Kars Kaşarının ön olgunlaştırma döneminde mikroflorasındaki biyolojik çeşitliliğin varlığını doğrulamış ve mevcut üretim metodunun starter kültür ilavesi ile geliştirilmesinin gerekliliğini ortaya koymuştur.

  İncele