İlgi alanları

Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

• 7
• 1
• 1
• 1

• Derleme MakaleAçık Erişim2026/r/bayburt/16073
  İlaç Atıklarının Çevreye ve Halk Sağlığına Etkileri, Geri Dönüşümü ve Mevzuat Çerçevesi

  Karakas, Ümıt; Yönten, Eda; Baykara, Gülbahar; Çiydem, Zeynep; Yaramış, Esra; Muhcu, Merve Merve; Çekiç, Nurdane; Edanur; Özkan, Emre; Sultan

  İlaç atıkları, hem çevresel ekosistemler hem de halk sağlığı üzerinde ciddi tehditler oluşturan, yönetimi özel önlemler gerektiren tehlikeli atıklar arasında yer almaktadır. Kullanım süresi geçmiş, yanlış saklama koşullarına maruz kalmış, fazla reçete edilmiş veya tedavi değişikliği nedeniyle atıl duruma gelmiş ilaçlar; su, toprak ve hava kirliliğine yol açarak biyoçeşitliliği olumsuz etkilemektedir. Ayrıca antibiyotik kalıntılarının çevreye kontrolsüz salınımı, mikroorganizmalarda direnç gelişimine neden olarak küresel bir sağlık sorununa dönüşmektedir. Bu çalışma, önlisans öğrencileri ile düzenlenen panel çıktılarından ve literatür taramasından elde edilen veriler ışığında; ilaç atıklarının çevresel ve halk sağlığına etkilerini, geri dönüşüm ve sürdürülebilirlik uygulamalarını ve Türkiye ile dünyadaki mevcut mevzuat durumunu ortaya koymaktadır. Bulgular, Türkiye’de ilaç atıklarına özgü bir yasal düzenlemenin bulunmadığını, mevcut mevzuat hükümlerinin farklı yönetmelikler içinde dağınık şekilde yer aldığını göstermektedir. Sonuç olarak, ilaç atıklarının etkili yönetimi için mevzuat bütünlüğü sağlanmalı, geri dönüşüm altyapısı güçlendirilmeli ve toplum düzeyinde farkındalık artırıcı programlar yaygınlaştırılmalıdır.

  • 
  • 
  İncele
• MakaleAçık Erişim2026/r/bayburt/16059
  Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu Öğrencilerinde Bulaşma Korkusunun İncelenmesi

  Karakas, Ümıt; Akyüz, Hatice Öntürk; Alkan, Sevil; Şevik, Ali Emre; Şahinoğlu, Mustafa Serhat; Kartal, Hakan

  Amaç: Bulaş korkusu sağlıkla ilgili sektörlerde yer alan kişilerde olumsuz etkilere sahip olabilen psikolojik durumdur. Bu çalışmanın amacı, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu öğrencilerin bulaş korkusunu araştırmaktır. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışma, nicel araştırma yöntemlerinden tanımlayıcı ve kesitsel tipte tasarlanmış olup veri toplama süreci 15 Temmuz 2022 ile 15 Ağustos 2022 tarihleri arasında gerçekleştirilmiştir. Veriler, Google Formlar üzerinden hazırlanan çevrimiçi bir anket aracılığıyla sosyal medya platformları (WhatsApp, Facebook, Twitter) üzerinden toplanmış; veri toplama aracı olarak katılımcıların kişisel bilgilerini belirleyen "Demografik Özellikler Anketi" ile 24 madde ve 4 alt boyuttan oluşan 5’li Likert tipi "Bulaşma/Bulaş Korkusu Ölçeği" kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmaya 861 katılımcı (ortalama yaş 20,50±2,26; %74,45'i kadın) dahil edildi. Katılımcıların %56,33'ü sağlık kuruluşlarından bulaşıcı hastalık kapma korkusu taşırken, %57,61'i sosyal ortamlarda hasta olma korkusu yaşadığını belirtmiştir. Bulaşma Korkusu Ölçeği puanları karşılaştırıldığında, ikinci sınıf öğrencilerinin diğer sınıflara kıyasla istatistiksel olarak anlamlı düzeyde daha yüksek puanlar aldığı saptanmıştır. Özellikle, bulaşıcı hastalıklar hakkında bilgi edinmek için sosyal medyayı kullanan bireylerin ölçek puanları, kullanmayanlara göre istatistiksel olarak anlamlı derecede daha yüksekti (p < 0,05). Sonuç: Bulaşma korkusu, ikinci sınıf öğrencileri ve sosyal medya kullanıcıları arasında yaygın olup, günlük yaşamları önemli ölçüde etkilemektedir. Bu çalışmanın sonuçları, geleceğin sağlık çalışanları için daha sağlıklı ve üretken bir öğrenme ortamını desteklemek amacıyla eğitim ve klinik ortamlarda bu sorunun ele alınmasının ne kadar kritik olduğuna ışık tutmaktadır.

  • 
  • 
  İncele
• MakaleAçık Erişim2026Scopus SJRQ3/r/bayburt/12685
  Association of Plasma miRNA-7-5p and miRNA-214-5p With Rheumatoid Arthritis Associated Interstitial Lung Disease

  Sahinoğlu, Irem; Karakas, Umit; Uslu, Sadettin; Kizilirmak, Deniz; Acar, Emre Ali; Tasgöz, Filiz Cemre; Kacar, Mevlüt; Sülükcü, Seref; Sengül, Merve Türkegün; Erdal, Mehmet Emin

  Objective: Rheumatoid arthritis–associated interstitial lung disease (RA-ILD) is a major extra-articular complication contributing to increased morbidity and mortality. Circulating microRNAs (miRNAs) have emerged as potential non-invasive biomarkers in autoimmune diseases. This study aimed to evaluate whether plasma miRNA-7-5p and miRNA-214-5p are associated with the presence of RA-ILD and with radiological and functional indicators of pulmonary involvement. Methods: In this cross-sectional study, 58 RA patients (29 RA-ILD, 29 without ILD) and 30 matched healthy controls were included. RA-ILD was diagnosed by multidisciplinary assessment (HRCT and pulmonary function tests). Plasma miRNA levels were measured by qRT-PCR and analyzed using the 2^−ΔΔCT method. Diagnostic performance was evaluated by ROC analysis. Results: Plasma miRNA-7-5p and miRNA-214-5p levels were significantly higher in RA patients compared with healthy controls (p < 0.05 for both). Among RA patients, both miRNAs were significantly lower in those with ILD (p < 0.05). miRNA-7-5p demonstrated promising discriminatory performance for identifying RA-ILD (AUC = 0.87, 95% CI: 0.760–0.947; p < 0.001), whereas miRNA-214-5p showed modest accuracy (AUC = 0.676, 95% CI: 0.539–0.794; p = 0.01). In multivariable analysis, ILD presence was independently associated with decreased levels of both miRNAs. Neither miRNA correlated significantly with DAS28-CRP, disease duration, nor with radiological or functional severity parameters. Conclusion: Circulating miRNA-7-5p and miRNA-214-5p are associated with the presence of RA-ILD but do not reflect disease severity in this cohort. Larger prospective studies are required to validate their potential role as adjunctive biomarkers for RA-ILD detection and risk stratification.

  İncele
• MakaleAçık Erişim2026Scopus SJRQ2/r/bayburt/11155
  Diagnostic and Prognostic Significance of miR-155, miR-181, miR-221, miR-222, and miR-223 Expression in Myelodysplastic Syndromes and Acute Myeloid Leukemia

  Ardıç, Cemile; Ay, Mustafa Ertan; Çevik, Kenan; Tombak, Anıl; İzci Ay, Özlem; Karakaş, Ümit; Doğru Özdemir, Gurbet; Bilgiç, Abdulkadir; Erdal, Mehmet Emin

  Background: Myelodysplastic syndromes (MDSs) and acute myeloid leukemia (AML) are clonal hematological disorders that share molecular origins but present with distinct clinical features. MicroRNAs (miRNAs) are key post-transcriptional regulators, and their altered expression may reflect biological shifts contributing to disease progression. Methods: Expression levels of miR-155, miR-181, miR-221, miR-222, and miR-223 were analyzed by RT-qPCR in bone marrow samples from 37 MDS patients, 20 AML patients, and 7 controls. Group comparisons were performed using ANOVA (with Benjamini–Hochberg correction) and Tukey post hoc testing. Diagnostic performance and network behavior were evaluated using ROC analysis, Pearson correlation matrices, and principal component analysis (PCA). Results: miR-155, miR-181, and miR-223 were upregulated in AML, whereas miR-221 and miR-222 were downregulated. miR-222 showed the highest diagnostic accuracy (AUC ~0.87 for both AML vs. control and MDS vs. control). Its expression was significantly higher in high IPSS-R MDS cases (p = 0.046), with a similar upward tendency for miR-221 (p = 0.054). Progressive loss of coordinated miRNA expression was observed from controls to MDS and AML. PCA supported these findings by showing separation mainly driven by miR-222 and miR-155. Conclusions: Combined miRNA profiling highlights miR-222 and, to a lesser extent miR-155, as consistent indicators of myeloid disease transformation. While further validation in larger and genetically stratified cohorts is warranted, these findings support the potential contribution of miRNA signatures to diagnostic evaluation and risk stratification in MDS and AML, in line with precision hematology approaches.

  • 
  AtıfScopus1·WoS1·OpenAlex1

  İncele
• Derleme MakaleAçık Erişim2025/r/bayburt/16243
  Lavanta Yağı ve Genetik Etkileşim: Epigenetik Perspektiften Sağlık Üzerine Bir İnceleme

  Karakas, Ümıt

  Amaç: Lavanta yağı, Lamiaceae ailesinin önemli bir üyesi olan lavanta bitkisinden elde edilen ve çeşitli terapötik etkilerle öne çıkan bir uçucu yağdır. Tarihsel olarak, antik medeniyetlerden günümüze kadar antibakteriyel, antienflamatuar, anksiyolitik, antifungal ve yara iyileştirici özellikleri nedeniyle geniş bir kullanım alanı bulmuştur. Lavanta yağının temel bileşenleri olan linalool ve linalil asetat, sinir sistemi üzerinde yatıştırıcı etkiler gösterirken, inflamasyonu ve oksidatif stresi azaltarak çeşitli kronik hastalıkların tedavisine yardımcı olabilmektedir. Yapılan araştırmalar, lavanta yağının nörolojik bozukluklardan kansere kadar uzanan geniş bir etki spektrumu olduğunu ortaya koymuş, ancak bu etkilerin moleküler düzeyde nasıl gerçekleştiği henüz tam olarak anlaşılmamıştır. Çalışmanın amacı güncel literatürü mikroRNA’lar çerçevesinde derlemektir. Yöntem: Çalışmanın içeriği “Lavanta yağı”, “miRNA”, “epigenetik”, “gen ifadesi” anahtar kelimelerinin kombinasyonları ile PubMed, Google akademik, Web of science ve Science direct veri tabanlarından yapılan taramalarla oluşturulmuştur. Bulgular: Son yıllarda, esansiyel yağların genetik ve epigenetik düzeydeki etkileri üzerinde durulmakta ve miRNA'lar ile olası etkileşimleri incelenmektedir. miRNA'ların gen ekspresyonunun düzenlenmesindeki kritik rolü göz önüne alındığında, lavanta yağının özellikle stres, depresyon ve inflamasyonla ilişkili miRNA'ları etkileyerek genetik mekanizmaları modüle etme potansiyeli büyük bir araştırma alanı olarak karşımıza çıkmaktadır. Ancak, bu alandaki literatür eksikliği dikkat çekmektedir. Lavanta yağının terapötik etkilerinin daha iyi anlaşılması, özellikle miRNA'lar üzerindeki etkilerine odaklanan moleküler çalışmaların artmasıyla mümkün olacaktır. Sonuç: Gelecekteki çalışmalar, lavanta yağının moleküler biyolojideki yerini sağlamlaştırabilir ve klinik kullanımı genişletebilir. Bu doğrultuda, lavanta yağının biyolojik mekanizmalarını aydınlatmak, onu hastalıkların tedavisinde daha etkili bir araç haline getirebilir.

  • 
  İncele
• MakaleAçık Erişim2025Scopus SJRQ1/r/bayburt/12766
  Disrupted miRNA Biogenesis Machinery Reveals Common Molecular Pathways and Diagnostic Potential in MDS and AML

  Çevik, Kenan; Ay, Mustafa Ertan; Tombak, Anıl; Ay, Özlem İzci; Karakaş, Ümit; Erdal, Mehmet Emin

  Background: Myelodysplastic syndromes (MDS) and acute myeloid leukemia (AML) are clonal stem cell disorders in which disrupted post-transcriptional regulation contributes to aberrant hematopoiesis and leukemic transformation. The miRNA biogenesis machinery, which comprises Drosha, DGCR8, Dicer, TARBP2, and AGO1, ensures the precise maturation of miRNAs that control lineage commitment and proliferation. However, the extent to which alterations in this pathway reshape hematopoietic gene networks during myeloid disease evolution remains largely unexplored. Methods: Bone marrow samples from newly diagnosed, untreated MDS and AML patients and matched healthy controls were analyzed for the expression of five key miRNA biogenesis genes using quantitative real-time PCR. Statistical comparisons, correlation matrices, and ROC analyses were performed to characterize gene-expression differences. These results were integrated with multigene logistic modeling, decision-curve analysis, and exploratory random forest/SHAP approaches to evaluate molecular interactions and diagnostic relevance. Results: DROSHA, DICER1, and TARBP2 were significantly downregulated in both MDS and AML, suggesting impaired miRNA maturation and a loss of global post-transcriptional control. DGCR8 expression increased across higher-risk MDS groups, suggesting compensatory activation of the Microprocessor complex, whereas AGO1 levels remained relatively stable, consistent with partial maintenance of RISC function. Correlation analyses revealed a co-regulated DROSHA–TARBP2–AGO1 module. ROC, logistic, and machine learning models identified DGCR8 and DICER1 as the strongest diagnostic discriminators. The integrated five-gene signature achieved high discriminative performance (AUC ≈ 0.98) and showed promise but remains preliminary potential for clinical application. Conclusions: Our findings suggest that defects in miRNA biogenesis disrupt hematopoietic homeostasis, reflecting common mechanisms in MDS and AML. The dysregulation of DICER1, DGCR8, and TARBP2 offers insights into miRNA-driven leukemogenesis and may pave the way for miRNA-based diagnostic and therapeutic strategies, pending validation in larger cohorts. Although transcript-level data are provided, future studies should include functional validation to determine the impact on downstream miRNA processing and hematopoietic pathways.

  İncele
• Derleme MakaleYalnız künye2025Scopus SJRQ3/r/bayburt/11103
  Artificial Intelligence and Environmental Impact: Moving Beyond Humanizing Vocabulary and Anthropocentrism

  Karakaş, Ümit; Özdemir, Vural

  Artificial intelligence (AI) and its applications in digital health, bioengineering, and society have significant material impacts on the environment owing to AI’s vast energy demands and energy consumption, carbon footprints, and water usage to cool data centers and generate electricity to power the data centers. Yet, the environmental footprints of AI remain underappreciated and inadequately acknowledged. This is significant, particularly in this era of climate emergency and ongoing threats to planetary energy and water supplies. The vocabulary attached to AI often aims to mimic positive human capacities such as “warmness” and “care.” However, these attempts to humanize AI and digital technology come with an anthropocentric gaze and blind spots that bracket out the environmental impacts and footprints of AI and privilege humans and technology over nonhuman animals and planetary ecological limits. In medicine, the environmental impacts of large language models range from water consumption and carbon emission to rare mineral usage. This commentary and innovation analysis question and queer the popular imagination of AI and digital technology as things that only exist in the immaterial world of cyberspace. In the course of research on AI in planetary health, we must be cognizant of its materiality, ecological impacts, and massive energy and water demands. We argue that moving away from anthropocentric narratives and vocabulary in AI design and praxis would bode well to live within planetary ecological limits so that AI and emerging digital technologies best serve robust and responsible science and all life on the planet Earth. Copyright 2025, Mary Ann Liebert, Inc., publishers.

  • 
  AtıfScopus10·WoS7·OpenAlex13

  İncele
• MakaleYalnız künye2023/r/bayburt/16502
  Majör depresyon hastalarında BDNF gen polimorfizmi (rs6265) ile BDNF gen ekspresyon düzeylerinin araştırılması

  Karakas, Ümıt; Derici, Didem; Ay, Mustafa Ertan; Özdemir, Gurbet Doğru; Erdal, Mehmet Emin; Çevik, Kenan; Ziblak, Alper; Kenar, Ayse Nur Inci

  Amaç: Beyin kaynaklı nörotrofik faktörün (BDNF) genetik, moleküler ve hücresel mekanizmalarının ve bunun nöroplastisite ile ilişkisinin daha iyi anlaşılması, majör depresyonda (MD) yeni ilaçlar için gelecekteki terapötik hedeflerin bulunmasında çok önemli bir rol oynayabilir. Bu çalışma, BDNF polimorfizmlerinin MD'deki kesin rolüne ilişkin hala çelişkili sonuçlar olduğundan, MD'de BDNF ile ilişkili polimorfizm (rs6265) ve ekspresyon ilişkisini anlamak amacıyla planlandı. Yöntem: Bu olgu-kontrol çalışmasında, DSM-5 ölçütlerine göre MD’li 51 hasta ve 75 sağlıklı kontrole ait kanlardan BDNF gen Val66Met (rs6265) polimorfizmleri için dizayn edilmiş primerler ile Real-Time PCR ile tek nükleotid polimorfizm çalışmaları yapıldı. Gen ekspresyon analizleri için total RNA kullanıldı. Kantitatif Real-Time PCR yöntemi ile saptanan, MD ve kontrol gruplarındaki BDNF genine ait ekspresyon düzeyleri ile polimorfizmler arasındaki ilişki istatistiksel yöntemlerle incelendi. Bulgular: Erkek ve kadınlarda, genotip ile grup ve alel frekansı ile grup arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki gözlenmemiştir. Alel ile MD arasındaki ilişkide ve genotip ile MD arasında anlamlı bir ilişki olmadığı görülmüştür. Genotip grupları arasında BDNF ekspresyon düzeyleri bakımından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık yoktur. Hem MD grubu hem de kontrol grubu için BDNF’nin polimorfik genotipleri arasında ekspresyon düzeyleri bakımından fark gözlenmemiştir. Sonuç: Çalışma bulguları istatistiksel olarak önemli olmamasına rağmen rapor edilmiş önceki çalışmaların da ışığında BDNF varyantlarının daha derinlemesine analizlerinin, gelecekte farmasötik müdahale ve majör depresyonun hassas tıbbı için olası yeni hedeflere işaret edebileceğini düşünmekteyiz. Ayrıca kişiselleştirilmiş tıp çağında, klinik müdahalelerin etkinliğini etkileyebilecek hem küresel hem de spesifik faktörlerin anlaşılması, tıp alanında önemli ilerlemeler sağlayabilir

  • 
  İncele
• MakaleAçık Erişim2023/r/bayburt/16488
  Could eumelanin molecule from Streptomyces parvus BSB49 strain be a potential anticancer agent for lung cancer?

  Karakas, Ümıt; Bayram, Sinan; Kizil, Hamit Emre; Öztürk, Serdar

  Melanins, which are divided into five different subgroups as eumelanin, pheomelanin, allomelanin, neuromelanin and pyomelanin, are a heterogeneous and amor- phous biopolymer family. Although melanin is produced in many different ways today, it is more practical, and more economical to produce melanin using bacterial strains. The eumelanin pigment, which is the subject of this study, was obtained using Streptomyces parvus BSB49 strain, and its antiproliferative effect at various concentrations against small cell (DMS-114) and non-small cell (H-460) lung cancer was determined. According to our results, the synthesized eumelanin molecule was statistically cytotoxic on non-small cell lung cancer cell line (H-460) at concentrations of 3.125 and 1.56 μg/mL after 24 hours of treatment (IC50=8 μg/mL) and only at a concentration of 3.125 μg/mL after 48 hours of treatment (IC50=8.4 μg/mL). In the small cell lung cancer cell line (DMS-114), no statistically cytotoxic concentration was detected (p<0.05).

  • 
  İncele
• MakaleYalnız künye2023Scopus SJRQ3/r/bayburt/13102
  Effects of electromagnetic radiation on neurogenesis and gene expression in amniocytes

  Uzun, Coşar; Erdal, Nurten; İzci Ay, Özlem; Karakaş, Ümit; Derici Yildırım, Didem; Durukan, Hüseyin; Akdag, Mahmut Berat; Erdal, Mehmet Emin

  The aim of the study was to investigate the genetic effects of commonly used radiofrequency on the amniocytes of pregnant women by examining the changes in the expression of genes related to signal transduction and neurogenesis induced by electromagnetic fields of radiofrequencies of 1800 and 2100 MHz by real-time PCR. Upon exposure of the amniocytes to electromagnetic radiation of 2100 MHz at high field strength, the expression levels of genes with important functions in the Wnt signaling pathways as well as neurogenesis-related genes were increased. The findings suggest that radiofrequency at high field strengths can have genotoxic effects during pregnancy.

  • 
  AtıfScopus1·WoS1·OpenAlex1

  İncele