Projeler
Koleksiyondaki öğeler
- Proje2022Lactiplantibacillus plantarum suşları ile Et proteinleri içeren model sistemde Gaba üretiminin Optimizasyonu
Kamiloğlu, Aybike; Memiş, Habibe
Araştırmada, sucuk kaynaklı Lactiplantibacillus plantarum suşları GABA üretim düzeyleri yönünden incelenmiş ve GABA üretim düzeyi yüksek L. plantarum EK148 suşu GABA üretim düzeyi açısından değerlendirilmiştir. GABA üretimine, MSG bulunmayan besi ortamına glutamik asit kaynağı olarak protein izolatı ilave edilerek, sıcaklık, pH ve fermantasyon süresi faktörlerinin etkisi incelenmiştir. Optimizasyon çalışması, L. plantarum EK148 suşunun GABA üretimi üzerine başlangıç pH değeri (4-6), fermantasyon süresi (96-144 saat), protein izolatı konsantrasyonu (%10-40) ve sıcaklık (30-40?C) faktörlerinin etkileri yanıt yüzey yöntemi (YYY) kullanılarak incelenmiştir. Ayrıca L. plantarum EK148 suşunun 144 saat fermantasyon süresince 6 saat aralıklarla canlı mikroorganizma sayısı, optik yoğunluk, pH ve GABA üretim düzeyleri belirlenmiştir. Deneysel tasarımda elde edilen yanıtlarla L. plantarum EK148 suşu için optimum koşullar belirlenmiş (% 10 protein konsantrasyonu, 33.93 ºC sıcaklık, pH 5.05 ve 96 saat fermantasyon süresi) ve 80 mg/L GABA üretimi sağlanmıştır. Model ile L. plantarum EK148 suşu kullanılarak elde edilen veriler arasındaki uyum eksikliğinin önemli olduğu, protein konsantrasyonu ve sıcaklığın GABA üretimi üzerine önemli düzeyde etkili olduğu tespit edilmiştir. Bunun yanısıra L. plantarum EK148 suşunun GABA üretiminin ortam pH?sının 4?ün altına düştüğü koşullarda maksimuma eriştiği tespit edilmiştir
- Proje2023Derin Ötektik Çözücüler Kullanılarak Arı Ekmeğinden Biyoaktif Bileşenlerin Ultrasonik Destekli Ekstraksiyonunun Optimizasyonu
Kantar, Naciye Kutlu; Bayram, Sinan; Çelik, Saffet; Ecem Bayram, Nesrin; Gerçek, Yusuf Can; Baştürk, Fatma Nur; Yildirim, Nazlican
Arı ekmeği arıların protein kaynağı olarak kullandıkları temel besin maddelerinden birisi olup kovan içeresinde arı poleninin fermantasyonu sonucu oluşmaktadır. Bu ürün fonksiyonel özllikleri sebebiyle son birkaç yıldır arı ürünleri arasında bilinilirliği ve tüketimi artan ürünler arasında yerini almıştır. Bununla birlikte, derin ötektik çözücüler (deep eutectic solvent-DES), değişken viskoziteleri, uygulamaya özel ayarlanabilirlikleri, alev almazlıkları, düşük buhar basınçları ve kimyasal kararlılıkları nedeniyle geleneksel çözücülerin yerini alacak umut verici yeşil alternatifler olarak son yıllarda büyük ilgi görmektedir. Bu nedenle bu çalışmada, arı ekmeği örneği farklı hidrojen bağ alıcısı (HBA):hidrojen bağ donörü (HBD) kombinasyonlarına sahip olan 10 farklı DES?de ekstrakte edilmiş ve en yüksek toplam protein içeriğine sahip DES kombinasyonunun kolin klorid (ChCl)-üre olduğu belirlenmiştir. Daha sonra ChCl-üre ile hazırlanan ekstraktlarda maksimum biyoakif madde ekstraksiyonu için ultrasonik ekstraksiyon koşulları optmize edilmiştir. Yanıt yüzey yöntemi ile yapılan optimizasyon sonucunda optimum koşullar; ultrasonik güç için %31.3, ekstraksiyon süresi için 25 dk ve sıcaklık için 35 °C olarak bulunmuştur. Modelin arzu edilebilirlik değeri ise (d) 0.83 olduğu görülmüştür. Elde edilen ekstraktlarda toplam fenolik madde, toplam protein içerik, bireysel fenolik madde, bireysel amino asit içerik ve bireysel vitamin içerik analzilerinin yanı sıra antioksidan ve antimikrobiyal aktivite testleri gerçekleştirlmiştir. Elde edilen sonuçlara göre toplam protein, toplam bireysel amino asit ve toplam bireysel fenolik içerik, ChCl-üre ile elde edilen ekstraktlarda geleneksel çözücü (etanol) ile hazırlanan ekstrakta kıyasla daha yüksek oranda tespit edilmiştir. Sonuç olarak, elde edilen tüm bu bulgular arı ekmeğinden ekstrakte edilmek istenen hedef bileşiklerin yapısal özelliklerine bağlı olarak ChCl-üre kombinasyonunun etanole alternatif olabileceğini göstermiştir.
- Proje2016Beyin Hastalıklarının Tanı ve Tedavisinde Yeni Yöntem: İn Vivo Mikrosensör Teknolojisi
Kufrevioglu, Omer Irfan; Taspinar, Numan; Binnetoğlu, Damla; Sengul, Goksin; Togar, Basak; Malkoc, Ismail; Denkbaş, Emir Baki; Ozcan, Halil; Okkay, Ufuk; Nalci, Kemal Alp
Beyin hastalıklarının birçoğunun sinaptik aralıklarda görev yapan nörotransmitterlerin beyindeki bazal seviyelerindeki değişiklikler veya sinaptik aralıktan uzaklaştırılma parametrelerinde gelişen aksaklıklar sonucu oluştuğu düşünülmektedir. Bu proje kapsamında beyin hastalıklarının tanı, tedavi ve izleminde kullanılmak üzere gerekli biyouyumlu sensör, kablosuz nörotransmitter algılama cihazı ve yeni bir yazılım üretilmiştir. Beyin nörotransmitter konsantrasyonlarını algılayabilen biyouyumlu sensörlerimizin fabrikasyonu üç aşamadan oluşmaktadır. Bunlar sırasıyla mikroelektrotların fotolitografik yöntemlerle üretimi, paketlenmesi ve seçici kimyasal bariyerlerle kaplanmasıdır. Üretilen sensörler düşük maliyetli ve biyouyumludur. Uyguladığımız yeni bariyerler selektivite ve sensitivite değerlerini yükseltmiştir. Ürettiğimiz sensörlerden gelen konsantrasyon bilgisine ilişkin akımın işlenmesinde kullanılan cihaz bu proje kapsamında üretilmiştir. Bu cihaz, nA seviyesindeki nörotransmitter konsantrasyonu kaynaklı akımları 107 kat yükseltmektedir. Üretilen cihaz, denekler üzerinde taşınabilmesi için oldukça küçük ve hafif olarak tasarlanmıştır. Bu cihaz, bataryası ile birlikte toplam 11.8 g ağırlığında ve 2.9 cm x 2.4 cm boyutundadır. Geliştirilen cihazdan gelen bilgiler deney ve takip esnasında işlenip hem grafik olarak hem de gerçek zamanlı analiz sonuçları olarak ekrana yansıtılabilmektedir. Labview tabanlı yazılıma bu bilgiler kablosuz haberleşme ünitesi vasıtasıyla iletilmektedir. Ayrıca, filtreleme çalışmaları sayesinde sistemin gürültü performansı iyileştirilmiştir. Geliştirdiğimiz bu sistem, deneysel olarak sıçanlarda oluşturduğumuz Depresyon, Kronik Ağrı, Hepatik Ensefalopati, Epilepsi, Alzheimer hastalığı hayvan modellerinde denenmiş, glutamat ve diğer nörotransmitterlerin ölçümleri in-vivo voltametrik olarak yapılmıştır. Burada değişikliği tespit edilen nörotransmitterlerin cinsine göre ilaçlar seçilmiş ve farklılıklar ortadan kaldırılmaya çalışılmıştır. Çok sayıda ilaç denemeleri yapılmıştır. Başarılı bulunanlara sonuç raporunda yer verilmiştir. Bu sonuçlara göre beyin hastalıklarının birçoğunun nörotransmitter değişimleriyle ilişkili olabileceği gösterilmiştir. Bu nörotransmitterlere yönelik tedavilerin de hastalıkların klinik gidişatında düzelmelere yol açtığı tespit edilmiştir. Bu proje ile beyin hastalıklarının etiyolojilerine yönelik çok sayıda veri sunulmakta hatta tedavilerine ışık tutulabilmektedir. Cihaz, yazılım ve sensör için patent başvurusunda bulunulmuştur. Ayrıca bu proje kapsamında TÜBİTAK desteği belirtilen 1 Doktora, 5 Yüksek Lisans tezi bitirilmiştir. 4 Doktora, 3 yüksek lisans tezi bitme aşamasındadır.
- Proje2016Fermente ürünlerden izole edilecek laktik asit bakterilerinde homopolimerik ve heteropolimerik ekzopolisakkarit (Eps) üreten türlerin molküler metotlar ile açığa çıkarılması
Arici, Muhammet; Demirbaş, Fatmanur; Dertli, Enes; Mercan, Emin
-
- Proje2016Biyobozunur Katı Atık Tesislerinin Termodinamik, Termoekonomik Analiz Ve Optimizasyonları Çerçevesinde Yenilenebilir Enerji Potansiyellerinin Araştırılması Ve Sıfır Atık Yaklaşımıyla Sürdürülebilir Modellerin Geliştirilmesi
Abuşoğlu, Ayşegül; Özahi, Emrah; Tozlu, Alperen
In this study, thermodynamic and thermoeconomic analysis are performed using actual operating data of the Gaziantep Solid Waste Power Plant in Gaziantep. ASPEN Plus Engineering and Engineering Equation Solver (EES) software programs are used in order to analyze the current system thermodynamically. Energetic and exergetic efficiencies of the system are evaluated as 39.57 % and 56.29 %, respectively. Thermoeconomic analyses are performed by using "specific exergy costing" (SPECO) method and the payback period is found to be 5.82 year according to the analyses. In additition, five different scenarios are carried out for the purpose of energy recovery from the exhaust gas of the system and thermodynamic and thermoeconomic analyses of scenarios are also carried out. Scenario 2 (Electricity production using gas turbine cycle) is found to be the optimal scenario which can be integrated into the system in terms of the thermodynamic and thermoeconomic analyses. As a result of the thermodynamic analyses of scenario 2, energetic and exergetic efficiencies are found to be 47.16 % and 61.83 %, respectively. Also, 1287 kW extra power can be produced using second scenario which has a short payback period of 3.7 year. By means of these proposed scenarios and conducted analyses, the first study for solid waste power plant in Turkey is carried out in detail. This detailed study is conducted for the first time that related to solid waste power plants in Turkey with proposed scenarios and performed analyses. In addition to this, the other novelty of this study is to assess the proposed scenarios in the project for other solid waste power plants in Turkey in the frame of zero waste.
- Proje2016Azot (N), Kükürt (S) ve Bor İçerikli Organik Katkılarla Asfaltın Modifiye Edilerek Asfalt Kaplamaların Mekanik Özelliklerinin İyileştirilmesi
Oruç, Şeref; Yılmaz, Bahadır; Sancak, Kemal
In this study, a novel boron-containing organic additive, which is completely original, was chemically synthesised in the laboratory condition and its performance features on the asphalt were assessed. The structural characterisation of the synthesised organic additive was investigated using nuclear magnetic resonance (NMR), Fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR) and thermogravimetry (TG) analysis methods. The morphologic structure, modification mechanism and thermal degradation behaviours of modified asphalt binders formed by adding the additive to the asphalt were determined by scanning electron microscopy (SEM), FT-IR and TG analysis. The physical and rheological properties were measured using dynamic shear rheometer (DSR), rolling thin film oven test (RTFOT), rotational viscometer (RV), pressure aging vessel (PAV), bending beam rheometer (BBR) and conventional binder experiments. Mechanical properties of mixtures prepared according to Marshall design were examined by the experiments of Marshall stability and flow, indirect tensile, moisture damage, indirect tensile strength, static creep, dynamic creep, indirect tensile fatigue, LCPC wheel tracking, and Nicholson stripping. The results indicate that the additive increased the asphalt’s consistence, rutting, aging resistance, flexibility, adhesion, loading spreading and fatigue life features and decreased temperature sensibility and cracking tendency at the low temperatures. Statistical analysis of the data obtained from experiments supports those findings, indicating that the best additive ratio to enhance the performance features of asphalt was 6%.
- Proje2018Sülfanilamid Bağlanmış Manyetik Nanopartiküllerle (Fe 3 O 4 @SiO 2 -PA-SA) Karbonik Anhidraz Enziminin Saflaştırması
Çelik, Safinur; Mavi, Ahmet
Enzimler, endüstriyel süreçlerde ve bilimsel çalışmalarda oldukça yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu sebeple enzimlerin hızlı ve ucuz bir yolla yüksek saflıkta saflaştırılması, ekonomik bir önem arz etmektedir. Bu projede amaç, karbonik anhidraz (CA) enzimini kısa sürede yüksek verimle saflaştırmak için ucuz, tekrar kullanılabilir ve manyetik temelli yeni bir materyal geliştirmektir. Projenin birinci bölümünde ilk olarak Fe3O4 MNP sentezlenmiştir. MNP?nin kararlılığını sağlamak için ikinci basamakta tetraetilortosilikat (TEOS) kullanılarak MNP?ler silika ile kaplanmış ve Fe3O4@SiO2 elde edilmiştir. Üçüncü basamakta Fe3O4@SiO2 yüzeyine APTES ((3-Aminopropil) trietoksisilan) ile -NH2 grubu ilave edilerek Fe3O4@SiO2-NH2 üretilmiştir. Dördüncü basamakta ise Fe3O4@SiO2-NH2 yüzeyinde bulunan -NH2 ile Phloretik asitin (PA, 3-(4-hidroksifenil) propiyonik asit) -COOH grubu, EDC (N-(3- Dimetilaminopropil)-N?-etilcarbodiimid hidroklorid) ve NHS (N-hidroksi süksinimid) aktivatörlüğünde, kovalent olarak bağlanmış ve Fe3O4@SiO2-PA elde edilmiştir. Son olarak karbonik anhidraz enziminin ilgisinin bulunduğu sülfonamidin (SA) diazonyum tuzu, Fe3O4@SiO2-PA?de bulunan Phloretik asitin aromatik halkasına bağlanarak Fe3O4@SiO2- PA-SA sentezlenmiştir. Nihai partikül (Fe3O4@SiO2-PA-SA) SEM, TEM, XRD ve FT-IR ile karakterize edilmiştir. TEM analiz sonuçları, hekzagonal şekle sahip monodispers ve ortalama 10 nm boyutlarında Fe3O4 MNP?ler üretildiğini göstermektedir. Silika kaplama ve APTES modifikasyonu yapılan nanopartiküllere ait TEM görüntüleri; Fe3O4@SiO2-NH2 MNP?lerin multi-çekirdek içerdiğini, SEM görüntüleri ise MNP?lerin 100 nm?den küçük ve küresel morfolojiye sahip olduğunu göstermektedir. Projenin ikinci bölümünde Fe3O4@SiO2-PA-SA kullanılarak hemolizattan karbonik anhidraz (CA) enzimi saflaştırılmıştır. Fe3O4@SiO2-PA-SA partikülleri hemolizat ile karıştırılıp CA?nın sülfanilamite bağlanması sağlanmıştır. Daha sonra bir mıknatıs ile Fe3O4@SiO2-PA-SA:::CA partikülleri toplanarak hemolizat ortamından uzaklaştırılmıştır. Fe3O4@SiO2-PA-SA:::CA partikülleri yıkanarak safsızlıklar ortamdan uzaklaştırılmıştır. Fe3O4@SiO2-PA-SA:::CA partiküllerinin üzerine elüsyon tamponu ilave edilerek CA, partiküllerden ayrılmış ve çözelti ortamına alınmıştır. Ortamda kalan Fe3O4@SiO2-PA-SA partiküller tekrar kullanılmak üzere mıknatısla geri kazanılmıştır. Sentezlenen MNP?ler ile CA, 2 saat gibi kısa bir zamanda ve basit bir şekilde hemolizattan saflaştırılabilmiştir. MNP?lerin maksimum enzim tutma kapasitesi 19,5 ± 1,1 mg CA/g MNP olarak hesaplanmıştır. Elde edilen CA?ın SDS-PAGE ile saflığı kontrol edilmiş ve enzimin yüksek saflıkta olduğu görülmüştür. Sentezlenen MNP?leri tekrar kullanılabilirliği test edilmiş ve üç kullanıma kadar MNP?lerin etkinliğini kaybetmediği görülmüştür.
- Proje2019Nadir Bir Ekzopolisakkarit Olarak Alternanın Fonksiyonel Etkilerinin Belirlenmesi, Alternan Üretiminden Sorumlu Alternansükraz Enziminin Ekspresyonu ve Aktivitesinin Tespiti
Yılmaz, Mustafa Tahsin; Şimşek, Ömer; Dertli, Enes
Laktik Asit Bakterileri (LAB)?nin starter kültür olarak islevlerine ilave olarak son dönemde bu önemli mikrobiyal grubun ürettigi fonksiyonel metabolitler üzerinde durulmaktadır. Bu metabolitlerin basında da LAB türleri tarafından in situ olarak üretilip gıda maddelerinin fizikokimyasal niteliklerini gelistirebilen ekzopolisakkaritler (EPS) gelmektedir. LAB türlerinde yapısal olarak glukoz/fruktoz?dan olusabilen homopolimerik EPS üretimi ucuz substrat ve yüksek miktarda üretim nedeniyle temel olarak ?-glukan üretimi çerçevesinde sekillenmektedir ve sükrozun substrat olarak kullanılması ile ?-glukan üretiminden glukansükrazlar sorumludur. LAB türlerinde glukansükrazların aktivitesi ile alternan gibi farklı yapılarda ?-glukan üretimi gerçeklesebilmektedir. Son dönemde LAB türlerinde ortaya çıkartılan ?-glukan üretebilen bir diger enzim grubu da sükrozda inaktif ancak amiloz gibi ?-1- 4 glikozidik bagı içeren substratlara etki edip açıga çıkan glukoz ünitelerini farklı baglar ile baglayabilen glukanotransferazlardır. Her iki enzim grubu ile de farklı yapılarda fonksiyonel etkileri olabilecek polisakkarit/oligosakkaritlerin üretimi gerçeklesebilmekte olup, bu enzimlerin aktivitelerinin belirlenerek üretebildikleri polisakkarit/oligosakkaritlerin karakterizasyonu ve bu bilesenlerin fonksiyonel etkilerinin tespiti son derece önemli bir husustur. Bu baglamda bu projenin amacı eksi hamurdan izole edilen alternan üreticisi oldugu gösterilen Lactobacillus reuteri E81?de alternan üretiminin eksi hamur üretimi açısından fonksiyonel etkilerini ortaya koymak, alternan üretiminden sorumlu glukansükrazın ve yine aynı bakteride açıga çıkartılan 4,6-?-glukanotransferazın aktivitesinin ve sırasıyla verici-alıcı reaksiyonları ve farklı substratlarda üretebildikleri oligosakkaritlerin karakterizasyonu ve bu oligosakkaritlerin bagısıklık düzenleyici ve prebiyotik potansiyellerinin belirlenmesidir. Proje kapsamında öncelikle Lactobacillus reuteri E81 eksi hamurdan izole edilip ürettigi alternanın fizikokimyasal karakterizasyonu gerçeklestirilmis ve bakterinin bütün genom sekansı açıga çıkartılmıstır. L. reuteri E81?in genom analizi bu bakteri de glukansükraz (gtfA) enzimine ilaveten 4,6-?-glukanotransferaz (gtfB) enzimini kodlayabilecek bir genin genomda yer aldıgını göstermistir. Ilk olarak eksi hamur ve ekmeginin nitelikleri açısından alternan üretiminin fonksiyonel etkilerinin anlasılabilmesi için gtfA geni L. reuteri E81?den silinmis ve L. reuteri E81 ve alternan üretemeyen L. reuteri E81 ?gtfA ile eksi hamur üretilip eksi hamurun fizikokimyasal özellikleri ve eksi hamur ekmeginin yapısal karakteristikleri üzerine alternan üretiminin etkileri açıga çıkartılmıs ve alternan üretiminin hamunun viskoelastik yapısının gelisimine katkı sagladıgı ortaya konmustur. Ikinci olarak L. reuteri E81?den gtfA ve gtfB genleri Escherichia coli BL21 (DE3) hücrelerinde üretilip glukansükraz (GTFA) ve 4,6-?- glukanotransferaz (GTFB) enzimlerinin aktivitesi ortaya konmus ve ürettikleri ?-glukanların yapıları Nükleer Manyetik Rezonans (NMR) spektroskopisi ile belirlenmistir. Takiben GTFA enziminin sükroz ve farklı seker alıcılarla ve GTFB enziminin ise ?-1-4 bagı içeren farklı substratlardan üretebildikleri oligosakkaritler Ince Tabaka Kromatografisi (TLC), NMR ve Sıvı Kromatografisi-Kütle Spektroskopisi (LC-MS) analizleri ile karakterize edilmis ve her iki enzimin farklı reaksiyonlarda özgün oligosakkaritleri üretme kabiliyetinde oldukları gösterilmistir. Son olarak GTFA ve GTFB ile üretilen bu oligosakkaritlerin fonksiyonel etkileri in vitro olarak HT-29 kolon hücrelerinde IL-10, IL-4, IL-12 ve TNF-? sitokinlerinin indüklenme potansiyelleri ve probiyotik ve patojen bakterilerin gelisimi üzerine potansiyel etkileri incelenerek ortaya konmus ve oligosakkarit düzeyinde fonksiyonel etkinin degisiklik gösterebildigi açıga çıkartılmıstır.
